ويمكننا أن نوجز منهجه في الآتي :
- ١قدَّمَ الطبريُّ لتفسيرِه بمقدمة علميَّةِ حشدَ فيها جملة من مسائل علوم القرآن ، منها : اللغة التي نزل بها القرآن والأحرفُ السبعة ، والمعربُ ، وطرق التفسير .
- ٢يُجزِّئ الآيةَ التي يُريدُ تفسيرَها إلى أجزاء ، فيفسرها جملة جملة ، ويعمدُ إلى تفسير هذه الجملة ، فيذكر المعنى الجملي لها بعدها، أو يذكره أثناء ترجيحه عن كان هناك خلاف في تفسيرها .
- ٣إذا لم يكن هناك خلاف بين أهل التأويل فسَّر تفسيرًا جُمْلِيًا ، ثم قال : وبنحو الذي قلنا في ذلك قال أهل التأويل .
- ٤إذا كان بين أهل التأويل خلاف ، فقد يذكر التفسير الجملي ، ثم ينص على وجود الخلاف ، ويقول : واختلفَ أهلُ التَّأويلِ في تأويلِ ذلكَ ، فقال بعضهم فيه نحوَ الذي قلنا فيه.
- ٥قد يذكر اختلاف أهل التأويل بعد المقطع المفسَّرِ مباشرةً ، ثمَّ يذكر التفسير الجملي أثناء ترجيحه .
- ٦من عادته أن يُترجمُ لكل قولٍ بقوله : فقال بعضهم .... ، ثمَّ يقول : ذكر من قال ذلك ، ثمَّ يذكر أقوالهم مسندًا إليهم بما وصله عنهم من أسانيد ، ثمَّ يقول : وقال غيرهم ، وقال آخرون ... ، ثمَّ يذكر أقوالهم ، فإذا انتهى من عرضِ أقوالِهم ، رجَّحَ ما يراه صوابًا ، وغالبًا ما تكون عبارته : قال أبو جعفر : والقول الذي هو عندي أولى بالصواب ، قول من قال ، أو يذكر عبارة مقاربةً لها ، ثمَّ يذكر ترجيحَه ، ومستندَه في الترجيحِ ، وغالبًا ما يكون مستندُه قاعدةً علميَّة ترجيحيَّةً ، وهو مما تميَّزَ به في تفسيرِه .
- ٧اعتمدَ أقوال ثلاث طبقات من طبقات مفسري السلف ، وهم الصحابة والتابعون وأتباع التابعين ، ولم يكن له ترتيب معيَّن يسير عليه في ذكر أقوالهم ، وإن كان يغلب عليه تأخير الرواية عن ابن زيد (ت : 182) .
- ٨يحرص على ذكر ما ورده عنهم بالإسناد إليهم ، ولو تعدَّدت الأسانيد في القول الواحد .
- ٩قد يورد قول الواحد منهم ويعتمده إذا لم يكن عنده غيره .
- ١٠لم يخرج في ترجيحاته عن قول هذه الطبقات الثلاث إلا نادرًا ، وكان شرطه في كتابه أن لا يخرج المفسر عن أقوال هذه الطبقات الثلاث ولهذا ردَّ أقوال أهل العربية المخالفة لأقوال السلف أدنى مخالفةٍ ، ولم يعتمد عليها إلا إذا لم يرد عن السلف في مقطع من مقاطع الآية شيء .
- ١١إذا ذكر علماء العربية فإنه لا يذكر أسماءهم إلا نادرًا ، وإنما ينسبهم إلى علمهم الذي برزوا فيه ، وإلى مدينتهم التي ينتمون إليها، كقوله : قال بعض نحويي البصرة . وغالب ما يروي عنهم مما يتعلق بالإعراب .
- ١٢اعتمد الطبري النظر إلى صحة المعنى المفسَّرِ به ، وإلى تلاؤمه مع السياق ، وقد كان هذا هو المنهج العامَّ في تفسيره ، وكان يعتمد على صحة المعنى في الترجيح بين الأقوال .
- ١٣كان لا يبين درجة إسناد الآثار إلا نادرًا ، ولم يكن من منهجه نقد أسانيد التفسير ، كما أنه لم يعمد إلى ما يقال من طريقة : من أسندك فقد أحالك .
- ١٤كان ـ في الغالب ـ لا يفرق بين طبقات السلف في الترجيح ، وقد يقدم قول أتباع التابعين أو التابعين على قول الصحابي .
- ١٥إن كان في بعض المواطن يقدم قول الصحابة ، خصوصًا فيما يتعلق بالنُّزول .
- ١٦يقدم قول الجمهور على قول غيرهم ، وقد يعدُّه إجماعًا ، ويَعُدُّ القول المخالف لهم شاذًّا .
- ١٧يَعُدُّ عدم قول السلف بقولٍ دلالة على إجماعهم على تركه، ويرجح بهذه الحجة عنده.
- ١٨لم يلتزم بالأخذ بقول الصحابي في الغيبيات .
- ١٩لم يُعْرِضْ عن مرويات بني إسرائيل لأنه تلقاها بالآثار التي يروي بها عن السلف، وقد يبني المعنى على مجمل ما فيها من المعنى المبيِّن للآية (ينظر : تفسير الطبري، ط : الحلبي : 1 : 274).
- ٢٠يؤخر أقوال أهل العربية ، ويجعلها بعد أقوال السلف ، وأحيانًا بعد ترجيحه بين أقوال السلف .
- ٢١لا يقبل أقوال اللغويين المخالفة لأقوال السلف ، ولو كان لها وجه صحيح في المعنى .