محمد بن أبي بكر الصديق تقدم نسبه في ترجمة والده عبد الله بن عثمان ، وأمه أسماء بنت عُميس الخثعمية ولدته في طريق المدينة إلى مكة في حجة الوداع كما ثبت عند مسلم في حديث جابر الطويل . ونشأ محمد في حجر علي ؛ لأنه كان تزوج أمه . وروى عن أبيه مرسلا ، وعن أمه وغيرها قليلا .

روى عنه ابنه القاسم بن محمد ، وحديثه عنه عند النسائي وغيره من رواية يحيى بن سعيد عن القاسم عن أبيه عن أبي بكر . وشهد محمد مع علي الجمل وصفين ، ثم أرسله إلى مصر أميرا فدخلها في شهر رمضان سنة سبع وثلاثين فولي إمارتها لعلي ، ثم جهز معاوية عمرو بن العاص في عسكر إلى مصر فقاتلهم محمد ، وانهزم ثم قتل في صفر سنة ثمان . حكاه ابن يونس ، وقال : إنه اختفى لما انهزم في بيت امرأة ، فأُخِذ من بيتها فقتل .

وقال ابن عبد البر : كان علي يثني عليه ويفضله ، وكانت له عبادة واجتهاد . ولما بلغ عائشة قتله حزنت عليه جدا ، وتولت تربية ولده القاسم فنشأ في حجرها فكان من أفضل أهل زمانه . وأخرج البغوي في ترجمته من طريق عبد العزيز بن رفيع عن محمد بن أبي بكر قال : أظلمت ليلة وكان لها ريح ومطر ، فأمر رسول الله - صلى الله عليه وسلم - المؤذنين أن ينادوا : صلوا في رحالكم .

ثم قال : لا أحسبه محمد بن الصديق .